مدلسازی؛ به عنوان آزمایش های بیوانفورماتیکی

مدت زمان مورد نیاز برای مطالعه: حدود ۱ دقیقه
مدلسازی به ایجاد فرضیه های جدید درمورد ساختار ماکرومولکول ها کمک می کند. مدلسازی در بیوانفورماتیک می تواند شامل مدلسازی ماکرومولکول هایی مانند پروتئین ها باشد یا در یک مقیاس بزرگتر یک سیستم را شامل شود. مدلسازی پروتئین ها براساس هومولوژی، فرآیند تخمین یک ساختار تئوری برای یک پروتئین با ساخت یک الگوی ساختاری از آن است. این الگوی ساختاری پس از همترازی، براساس توالی های هومولوگ ساخته می شود. کنترل فرآیند مدلسازی براساس هومولوژی نیز پارامترهای مختلفی را شامل می شود که مقادیری مانند زوایای مهم پیوند ها از جمله موارد مهم است. البته کیفیت روش همترازی و الگوهای به دست آمده نیز مهم است.
“مدلسازی یک فرآیند” بخش مهمی از زیست شناسی سامانه ای است. مدلسازی ریاضی سیستم ها بخشی از یک چرخه را تشکیل می دهد که در آن زیست شناسی تجربی نیز نقشی کاملا برابر را ایفا می کند. یک چرخه معمول مدلسازی سیستم ها شامل ساخت مدلی می شود که آنچه در ارتباط با زیست شناسی مشخص است را نمایش دهد. بعد از آن مورد بررسی و تست قرار می گیرد تا مشخص شود آیا واقعا مانند سیستم زیستی عمل می کند یا خیر. اگر عملکردی متفاوت از خود را نشان داد، مدل باید تا جایی تغییر کند تا به سیستم زیستی نزدیک تر شود. این چرخه تا جایی ادامه پیدا می کند تا مدل با قطعیت بالایی واقعیت زیستی را نشان دهد.

برگرفته از:
https://www.ebi.ac.uk/training/